「日本大通り駅」は横浜の歴史の第一歩を記した開港場近くに位置し、駅周辺は「横浜市開港記念会館（愛称：ジャック）」「神奈川県庁本庁舎（同：キング）」「横浜税関（同：クイーン）」「旧横浜商工奨励館（現横浜情報文化センター）」を始めとする歴史的建物が多く立ち並ぶ歴史の息づく街です。

駅のデザインに当っては、この街並みの中に入り込んだイリュージョン体験をテーマに、基本フォルムにアーチ、基本素材にレンガと石材を用い、移動速度の緩やかなプラットホームは歴史的建物の内部空間を、コンコースは建築群を連想させる外部空間を表現し、ホームに降立った瞬間からタイムスリップ的な歴史的体験を連続させて地上の街並へと誘う空間構成としています。

また、移動速度の速い改札口周りやエレベータシャフトなどの動線部は、ガラスや金属を用いたシャープなデザインとし、開港以来近代化の先端を走っている地域を予感させると共に、空間に性格付けすることにより、分りやすい駅づくりを目指しました。